События второго сезона начинаются с тех пор как прошло два года после прежних событий. Кейт Ранда старается жить спокойно, без громких дел и постоянных поездок, но прошлое не отпускает. Оно возвращается в разговорах, в новостях, в случайных встречах. Мэй пытается восстановить карьеру, хотя потерянное время оставило заметный след. Кейко заново осваивается в мире, который изменился быстрее, чем она ожидала. Семья держится вместе, но между близкими нарастает скрытая тревога.
Монарх и Apex продолжают совместную работу, и это вызывает сомнения у общества. Ученые изучают гигантских существ, скрывая истинные цели исследований. Политические игры становятся частью общей картины. Доверие между союзниками слабеет. Остров Черепа вновь оказывается в центре событий. Там живет Кинг-Конг, оберегая экосистему. Кейт начинает видеть связь гигантов с историей семьи и ищет ответы о судьбе пропавших ученых, понимая, что опасность подбирается все ближе.